Инфоурок Другое ПрезентацииПрезентация на тему Что такое биоинформатика?

Презентация на тему Что такое биоинформатика?

Скачать материал
Скачать материал "Презентация на тему Что такое биоинформатика?"

Получите профессию

Менеджер по туризму

за 6 месяцев

Пройти курс

Рабочие листы
к вашим урокам

Скачать

Методические разработки к Вашему уроку:

Получите новую специальность за 3 месяца

Нутрициолог

Описание презентации по отдельным слайдам:

  • Что такое биоинформатика?Банк SwissProtС.А.Спирин
7, 8,10 февраля 2006 г.,...

    1 слайд

    Что такое биоинформатика?

    Банк SwissProt
    С.А.Спирин
    7, 8,10 февраля 2006 г., ФББ МГУ

  • Что такое биоинформатика? Исследование информационных процессов в биологическ...

    2 слайд

    Что такое биоинформатика?
    Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
    Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
    Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
    Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.

    ?

  • БиоинформатикаИсследование информационных процессов в биологических системах...

    3 слайд

    Биоинформатика
    Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
    Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
    Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
    Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.

  • Примеры задач биоинформатикиРазработка алгоритмов для анализа большого объема...

    4 слайд

    Примеры задач биоинформатики
    Разработка алгоритмов для анализа большого объема биологических данных
    Алгоритм поиска генов в геноме


    Анализ и интерпретация биологических данных таких, как нуклеотидные и аминокислотные последовательности, структура молекул белков, структура комплексов молекул белков с другими молекулами.
    Изучение структуры активного центра белка


    Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным
    Создание банка данных аминокислотных последовательностей

  • Что понимать под биоинформатикой?Как видим, смысл термина ещё ỳже...Применени...

    5 слайд

    Что понимать под биоинформатикой?
    Как видим, смысл термина ещё ỳже...
    Применение компьютерных методов для решения биологических задач
    Применение компьютерных методов для решения задач
    молекулярной биологии
    ... и еще ỳже...
    Компьютерный анализ экспериментальных данных о структурах биологических макромолекул (белков и нуклеиновых кислот) с целью получения биологической информации

  • Итак...Биоинформатика = вычислительная молекулярная биологияПочему так сузилс...

    6 слайд

    Итак...
    Биоинформатика = вычислительная молекулярная биология
    Почему так сузился смысл термина?

  • gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
ccgacatgagacagtt...

    7 слайд

    gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
    ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct
    ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa
    gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg
    ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa
    agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa
    attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
    aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga
    gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc
    tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga
    acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta
    cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag
    ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa
    aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata
    cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga
    gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac
    tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg
    acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc
    tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa
    acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca
    ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac
    ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa
    actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag
    gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct
    ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac
    ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa

  • В конце 1970-х годов был изобретён относительно
быстрый и дешёвый метод экспе...

    8 слайд

    В конце 1970-х годов был изобретён относительно
    быстрый и дешёвый метод экспериментального определения
    последовательности оснований в ДНК
    Организм
    ДНК «в пробирке»
    Последовательность
    выделение
    секвенирование
    ...TGCCACAAATCAC...

  • Для хранения все возрастающей информации о последовательностях ДНК в 1982 год...

    9 слайд

    Для хранения все возрастающей информации о последовательностях ДНК в 1982 году был основан GenBank
    GenBank — хранилище последовательностей нуклеиновых кислот в виде компьютерных файлов

    Объем GenBank’а:
    1982: 680 338 букв в 606 последовательностях
    1992: 101 008 486 букв в 78 608 последовательностях
    2002: 28 507 990 166 букв в 22 318 883 последовательностях
    2004: 44 575 745 176 букв в 40 604 319 последовательностях
    2005: 56 037 734 462 букв в 52 016 762 последовательностях
    (из ~165 000 организмов)
    Размер файлов — 196 Gb

  • Пионеры биоинформатикиЛайнус Полинг1962Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1962....

    10 слайд

    Пионеры биоинформатики
    Лайнус Полинг
    1962
    Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1962. Molecular disease, evolution, and genic heterogeneity. Horizons in Biochemistry, Academic Press, New York, 189-225.

    Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1965. Evolutionary divergence and convergence
    in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, 97-166.

    Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных

    Гипотеза молекулярных часов

  • Пионеры биоинформатикиМаргарет ДейхоффОднобуквенный код аминокислот
	A,C,D,E,...

    11 слайд

    Пионеры биоинформатики
    Маргарет Дейхофф
    Однобуквенный код аминокислот
    A,C,D,E,F,G,H…

    Матрицы аминокислотных замен PAM (Point Accepted Mutation)
    1965
    Атлас последовательностей белков и их структур (1965)

  • Первый “банк данных”Атлас белковых последовательностей и их структур
1965 -19...

    12 слайд

    Первый “банк данных”
    Атлас белковых последовательностей и их структур

    1965 -1978
    Первая версия атласа содержала описание 65 (!) последовательностей белков

  • Банки данных Архивные   (примеры: PDB, GenBank)	за содержание каждой записи...

    13 слайд

    Банки данных
    Архивные
    (примеры: PDB, GenBank)
    за содержание каждой записи отвечает её автор-экспериментатор

    Курируемые
    за содержание записей отвечают специальные люди — кураторы

    Автоматические
    записи генерируются компьютерными программами

  • Банк данных Swiss-Prot1986Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательно...

    14 слайд

    Банк данных Swiss-Prot
    1986
    Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательностях
    http://www.expasy.org/sprot/
    Курируемая база данных
    “Золотой стандарт” аннотации

  • Банк данных Swiss-ProtАмос Байрох Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарско...

    15 слайд

    Банк данных Swiss-Prot
    Амос Байрох
    Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарском Институте Биоинформатики
    С 1987 поддерживается в сотрудничестве между

    Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
    European Bioinformatics Institute (EBI)

  • Банк данных Swiss-ProtСтатистика роста 
количества документовТекущий релиз 48...

    16 слайд

    Банк данных Swiss-Prot
    Статистика роста
    количества документов
    Текущий релиз 48.9 (24 января 2006) содержит 206586 документов
    1986
    2006
    2001

  • Банк данных TrEMBL
Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последо...

    17 слайд

    Банк данных TrEMBL

    Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последовательностей из банка EMBL

    Автоматическая классификация и аннотация

    TrEMBL (Translated EMBL)
    Текущий релиз 31.9 (24 января 2006) содержит 2 586 884 документа

  • Тенденция объединения2002

    18 слайд

    Тенденция объединения
    2002

  • Банк данных UniProtUniProt (Universal Protein Resource) UniProt Knowlegebase...

    19 слайд

    Банк данных UniProt
    UniProt (Universal Protein Resource)
    UniProt Knowlegebase – SwissProt+TrEMBL

    UniProt Archive – UniParc

    UniProt Reference – UniRef

  • ~2 500 000
        последовательностейDDBJEMBL
         GenBankttttacctcttttt...

    20 слайд

    ~2 500 000
    последовательностей
    DDBJ
    EMBL

    GenBank
    ttttacctctttttagtgatattgtgatatagagcaaaaatcccgacattgtgtcgggattgtttttaaactcttgttgattttaatttttcaatcgcttctttattaaagaagtagtgtgtgccacaacactcacattgcatatcaatacggcctttatgttcggctaatatttcgtcaatttcttcatcagagatgagcagtagatgcagaactagaacgctcagcagagcagccacagaaaaattgtacatcttgtgctggataaagattaacggtttcttcgtgatataaacgataggagtaactcttctgcagggagaccaaataattcttcatcttttactgttgctgcgagcgtagttaaatgctcaaaatcttctggtgtaccagaaccatcaggcataatttgtaataacatacctgctgccactggcttgccttcatattctccagtacgaataattaattgagtttgaagactcatattttcagtgaagtttcgatcgcccttaggaggggccgcgctttctctttcaa
    компьютерный поиск гена, трансляция и компьютерная аннотация
    UniRef
    (UniProt
    non-redundant
    Reference
    databases)

    PIR-PSD
    UniParc
    (UniProt Archive)

    200 000 последовательностей
    Экспертиза
    Базы данных
    научной литературы

  • Соотношение числа белков,представленных в разных банках3 078 52433 321206 58...

    21 слайд

    Соотношение числа белков,
    представленных в разных банках
    3 078 524
    33 321
    206 586
    Последовательностей во много раз больше, чем структур!

    Большинство последовательностей не аннотированы!

  • Документ банка данных Swiss-ProtОписание документа: идентификатор, 
имя,  дат...

    22 слайд

    Документ банка данных Swiss-Prot
    Описание документа: идентификатор,
    имя, дата создания и модификации
    Аннотация
    последовательности
    Последовательность

  • Основные поля записи SwissProtID
AC
DE
OS
OCИ сама последовательность, конечно.

    23 слайд

    Основные поля записи SwissProt
    ID
    AC
    DE
    OS
    OC
    И сама последовательность, конечно.

Получите профессию

Бухгалтер

за 6 месяцев

Пройти курс

Рабочие листы
к вашим урокам

Скачать

Скачать материал

Найдите материал к любому уроку, указав свой предмет (категорию), класс, учебник и тему:

6 625 325 материалов в базе

Скачать материал

Вам будут интересны эти курсы:

Оставьте свой комментарий

Авторизуйтесь, чтобы задавать вопросы.

  • Скачать материал
    • 25.01.2020 2631
    • PPTX 563 кбайт
    • 171 скачивание
    • Рейтинг: 3 из 5
    • Оцените материал:
  • Настоящий материал опубликован пользователем Тогмитова Роза Цыренжаповна. Инфоурок является информационным посредником и предоставляет пользователям возможность размещать на сайте методические материалы. Всю ответственность за опубликованные материалы, содержащиеся в них сведения, а также за соблюдение авторских прав несут пользователи, загрузившие материал на сайт

    Если Вы считаете, что материал нарушает авторские права либо по каким-то другим причинам должен быть удален с сайта, Вы можете оставить жалобу на материал.

    Удалить материал
  • Автор материала

    Тогмитова Роза Цыренжаповна
    Тогмитова Роза Цыренжаповна
    • На сайте: 3 года и 3 месяца
    • Подписчики: 0
    • Всего просмотров: 82532
    • Всего материалов: 220

Ваша скидка на курсы

40%
Скидка для нового слушателя. Войдите на сайт, чтобы применить скидку к любому курсу
Курсы со скидкой

Курс профессиональной переподготовки

Экскурсовод

Экскурсовод (гид)

500/1000 ч.

Подать заявку О курсе

Курс профессиональной переподготовки

Руководство электронной службой архивов, библиотек и информационно-библиотечных центров

Начальник отдела (заведующий отделом) архива

600 ч.

9840 руб. 5900 руб.
Подать заявку О курсе

Курс профессиональной переподготовки

Организация деятельности библиотекаря в профессиональном образовании

Библиотекарь

300/600 ч.

от 7900 руб. от 3950 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 282 человека из 66 регионов

Курс профессиональной переподготовки

Библиотечно-библиографические и информационные знания в педагогическом процессе

Педагог-библиотекарь

300/600 ч.

от 7900 руб. от 3950 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 458 человек из 66 регионов

Мини-курс

Музыкальная журналистика: история, этика и авторское право

4 ч.

780 руб. 390 руб.
Подать заявку О курсе

Мини-курс

Методика образовательных игр с детьми раннего возраста

3 ч.

780 руб. 390 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 21 человек из 12 регионов

Мини-курс

Управление стрессом и психологическими состояниями

2 ч.

780 руб. 390 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 62 человека из 25 регионов